病院・クリニックの売却・M&A仲介会社を厳選【ウルクリ】

将来の収益構造の不透明感と後継者不在が、
早期の売却検討を後押し

2026年度の診療報酬改定は全体でプラス改定となりましたが、施設機能や経営形態による「メリハリ」が強調されました。エネルギーコストや医療機器の調達コストが高騰する中、医療法人経営情報データベース（MCDB）の分析等からも、施設間の利益率の格差（二極化）が広がっている傾向が見られます。

こうした将来への懸念と後継者不在という複合的な課題を解決する手段として、早期の売却（M&A）を検討する法人が増加しています。

猶予期間が延長された「今」が、
組織再編に着手するタイミング

「持分あり医療法人」から「持分なし医療法人」へ、税負担を抑えて移行できる「認定医療法人制度」の適用期限が、2029年（令和11年）末まで延長されました。

この制度を活用して持分（相続税リスク）を整理してから第三者へ売却するスキームが、現在の実務における1つの選択肢となっています。組織再編の準備には時間を要するため、早期に検討に着手することが円滑な承継を実現するポイントです。

新しいシステムや文化への反発を防ぐ、
事前の労務設計が不可欠

M&Aにおいて、譲渡実行直後の主要スタッフ（看護師や受付）の離職は大きなリスクの1つです。買い手が持ち込む新しいシステムや文化への反発が原因で起こります。

成約前の段階で、スタッフへの告知タイミングや労働条件の維持について慎重な設計が必要です。M&Aの仲介手続きだけでなく、医療業界の雇用実務に精通した「労務の専門家」による事前のケアが不可欠となります。

医療法の「配当禁止」抵触リスクと、
徹底した事前デューデリジェンス

節税目的で設立したMS法人に対し、相場より著しく高い業務委託料や家賃を支払っている場合、医療法の「配当禁止（非営利性の原則）」に抵触するリスクがあります。

買い手は買収監査でここを厳しくチェックします。事前の精査でMS法人との契約を適正化しておかなければ、成約直前での大幅な減額要求や破談に繋がる恐れがあり、税務・法務の両面からリスクを洗い出す体制が求められます。

退職所得のチェック厳格化に伴う、
議事録と数値的根拠の用意

2026年より退職所得の源泉徴収票提出義務が拡大され、税務当局による「役員退職金の妥当性」へのチェックが厳格化しています。実態を伴わない高額な退職金は、否認される（損金不算入とされる）リスクがあります。

これを防ぐためには、理事会議事録の適切な作成と、「地域医療への貢献」を裏付ける確かな数値的根拠の用意が必須です。

専門家によるワンストップの伴走で、
安心感のあるM&Aを実現

これらのトラブルに共通しているのは、「事前の専門的な精査（デューデリジェンス）」の不足です。名南M&Aは、単なるマッチング会社ではありません。

長年の医療機関への経営支援で培ったノウハウを活かし、税理士、弁護士、社会保険労務士といった法務・労務・税務のプロフェッショナルがワンストップで伴走することで、これらのリスクを未然に防ぎます。

不要な負債を切り離せる反面、税負担や新規開設手続きに留意

土地や建物、医療機器、患者情報などの資産を個別に売買する手法です。不要な資産や簿外債務を切り離して譲渡できるため、買い手が見つかりやすいという特徴があります。

一方で、売却益に対して所得税（個人の場合）や法人税が課せられるほか、設備やのれん代（営業権）には消費税もかかります。また、行政上は「現診療所の廃止」と「新診療所の開設」が必要となり、スタッフとも雇用契約を結び直す必要があるため、手続き面での負担を考慮する必要があります。

許認可や雇用をそのまま引き継げ、手残りを確保しやすい手法

出資者が保有する「持分（財産権）」を買い手に売却し、経営権を移転させる手法です。法人格が継続するため、保健所の許認可やスタッフの雇用契約をスムーズに引き継げるのが大きな特徴です。

また、売却益に対する譲渡所得税は「一律20.315%（分離課税）」となるため、事業譲渡よりも手元に現金を確保しやすくなる傾向があります。ただし、過去の負債やトラブルの履歴も引き継ぐため、買い手による買収監査（デューデリジェンス）は厳格に行われます。

退職金制度を活用して対価を受け取る、持分なし法人の代表的手法

「持分なし医療法人」には売買する財産権がないため、社員総会の構成員と理事（役員）を買い手側と入れ替えることで経営権を移転します。この際、売り手側の実質的な対価は「役員退職慰労金」として受け取ることで、退職所得控除による税負担の軽減効果を得るケースが一般的です。

※注意点：近年、退職所得課税に関する見直し（10年ルール等）が施行されているため、iDeCoや企業型DC等の受給時期との兼ね合いで手元に残る金額が変わる場合があります。実行タイミングは専門家と慎重にシミュレーションする必要があります。

包括的な権利義務の承継が可能で、広域な法人の統合に向く手法

主に医療法人同士を統合、あるいは事業部門を切り離して承継させる手法です。都道府県知事の認可が必要で手続きは複雑になりますが、包括的な権利義務の承継が可能であり、中核病院や大規模な医療法人の統合に向いています。

見える化と、
筋肉質な経営体制の構築がポイント

多くのクリニックや病院では、人件費や物価・光熱費増加の影響で厳しい経営状況に置かれています。経営を改善するには財務状況を見える化し、地域のニーズに合った医療体制を整える必要があります。
また、業務委託や共同購買の活用など、コスト変動に対応できる経営体制の確立も求められます。

内部承継、M&A・第三者承継、
経営統合・地域連携による継続

自院の後継者がいない場合、考えられる選択肢としては内部承継や外部承継があります。内部承継は副院長や幹部職員へ引き継ぐ方法で、外部承継はM&Aや外部医療法人への譲渡が該当します。
また、近隣病院との経営統合や、地域医療機関と連携して運営負担を軽減する手段もあります。

労働環境と待遇の改善、業務の効率化、
M&Aによる労務管理からの解放

クリニックにおける看護師不足は、人間関係の閉塞感や給与・福利厚生の限界、キャリアアップの難しさが主な原因です。まずは労働環境の改善や柔軟なシフトの導入、業務効率化に取り組むことが求められます。

また、採用難を乗り越え、多大な労務管理の負担から解放されるための新しい選択肢として、M&Aを検討するケースも増えています。

多額の借入リスク、休診による患者離れ、
建て替え以外の選択肢の検討

建物の老朽化や医療機器の更新時期が重なると、数千万円〜1億円規模の資金が必要になることがあります。建て替えには多額の借入リスクや休診に伴う患者離れといった高いハードルが存在します。

無理に建て替えを行うだけでなく、必要最低限の修繕やテナント移転、あるいは閉院やM&Aなど、リスクを回避するための別の選択肢を検討することも重要です。

クリニックの院長が抱えやすいスタッフとの人間関係の悩み

クリニックは少人数の閉鎖的な職場であり、院長とスタッフの距離が近い分、人間関係の問題が起きやすい環境です。

派閥や家族経営など院内特有のリスクにも触れ、離職率の低下やクリニック運営の安定につながる実践的な対策を考えていきましょう。

変形労働時間制を活用した休日制度の設計方法を検討

開業医は休みを取りにくいとされ、休みが取れないことで体調の悪化などのリスクも懸念されます。変形労働時間制を活用した休日制度の設計方法、非常勤医師や所得補償保険など不測の事態への備えていきましょう。

開業は借入が前提になるからこそ、無理のない計画が重要

病院やクリニックは、開業時に金融機関からの借入を行うケースが一般的です。けれど、開業後に必ずしも経営が順調に進むとは限らず、返済に不安を抱える方も少なくありません。そのため、事前に入念な事業計画を立てるとともに、中長期的な視点で無理のない返済計画を策定することが重要です。

オンライン診療と受診形態の多様化がカギ

コロナ禍で生じた受診控えに加え、補助金や診療報酬の見直しも重なり、病院・クリニックを取り巻く経営環境は依然として厳しい状況が続いています。こうした中で経営を回復させるためには、患者の行動変化を踏まえた診療体制の再構築や経営体質の改善に取り組むことが重要なカギとなります。

過度な要求と暴言から、医療現場を守るために

医療現場において深刻な課題となっているのが、過度な要求や攻撃的な言動を行うモンスターペイシェントの増加です。モンスターペイシェントへの対応は、個人任せにせず組織全体で取り組むことが重要であり、状況に応じて弁護士などの専門家への相談も検討する必要があります。

「まさか自分が」を防ぐ、医療訴訟リスクへの備え

医療訴訟は、開業医であれば誰もが当事者となる可能性があるリスクです。だからこそ、医療訴訟に関する正しい知識を身につけ、日頃から適切な予防策を講じておくことが重要です。また、万が一トラブルや訴訟に発展した場合に備え、冷静に対応できる体制や準備を整え、自身とクリニックを守る意識を持つことも求められます。

「業務を無理なく回せる仕組みづくり」が大切

医療事務は、レセプト業務などで残業が発生しがちです。スタッフ1人が膨大な業務量を抱えてしまうと疲労やストレスが溜まってしまうため、無理なく回せる仕組みをつくりましょう。

また、新人の教育体制を整えておくことも大切です。

システム導入や声掛けで、待ち時間のイライラを軽減

病院やクリニックの待ち時間対策としては、「業務効率化を実現する医療ICT導入」や「人員配置の見直し」などが効果的。待ち時間中の患者さんには声掛けを行うほか、待合室を快適な空間にすることもポイントです。

開業医の皆様、現在のクリニックの労務管理体制に不安を感じていませんか？医療現場特有の複雑な勤務体系や、法律に関する知識不足から、気づかないうちに労働基準法違反となる運用をしてしまっているケースが後を絶ちません。トラブルが起きてからでは遅く、経営の根幹を揺るがす事態に発展することもあります。

病院のセキュリティ対策は、今やIT部門だけの問題ではなく、経営層がリーダーシップを持って取り組むべき最重要課題の一つです。万が一サイバー攻撃を受けると、外来受け入れの停止や診療報酬請求の遅延など、病院の事業継続そのものを揺るがす危機に陥ります。

リマインドとキャンセル導線の整備で、空き枠の損失を防ぐ

クリニックの無断キャンセルは、予約日時の忘れや、キャンセル連絡の気まずさから発生します。空いた診療枠を埋められず、機会損失やスタッフの段取り崩れを招くことが課題です。LINEやSMSでのリマインド通知と、Webから変更・キャンセルできる導線の整備で、発生を減らしましょう。

来院時間の分散と誘導の工夫で、停めにくさを解消

駐車場が足りない・狭いという問題は、患者満足度の低下や近隣トラブルに直結しやすい経営課題です。とくに午前の診療開始前後は来院が集中するため、1日平均では足りていてもピークタイムにキャパシティを超えてしまいます。

まずは予約システムによる来院時間の分散や職員用駐車場の移動といった運用面の対策から着手し、必要に応じて外部駐車場との提携や満空情報の見える化も検討しましょう。

東京以外の地域でも、M&Aは活発に行われています。病院やクリニックのM&Aによる売却事例を、東日本や西日本といった地域別にまとめました。

特定の地域に強いM&A仲介会社についてもご紹介します。